Personalmente me han dejado de funcionar los shortcodes al «permitir» al plugin Autoptimize optimizar el CSS y el JS de manera automática.
Los plugin son elementos independientes que funcionan, lo que ocurre es que algunos de ellos injieren o interfieren en el trabajo de otros. Obviamente si instalo un plugin de auto-optimización lo que va a hacer es precisamente eso – auto optimizar mi web – no le importa si por ello interfiere en el trabajo de otros plugins.
Siempre hay más de una razón para que algo no funcione, se trata de investigar un poco y averiguar el porqué, cuando y cómo.
En cuanto a la visualización de los shortcodes, ésta ha cambiado, mientras antes se accedía a ellos a través del menú lateral del propio plugin, ahora sólo puedes verlos al editar una entrada o una página, en el menú superior del editor.