Buenas Raul,
Lo cierto es que con estas webs que tienen complejidades puede depender mucho.
Algo complejo puede ser un plugin con un trozo de código modificado. Quizás lo que está modificado es una tontería, pero si actualizas el plugin se borra, tendrías que saber cuál es la modificación, actualizar y luego volver a aplicarla…
Una forma de tomar esto es buscar soluciones alternativas implementadas por ti, que sí seas capaz de actualizar sin que pase nada.
Para poder ser capaz de hacer estas cosas avanzadas sí, te recomiendo el curso de html y css, y los cursos de dorian de html y de css, y los que vendrán de php y javascript.
Es posible que de momento debas pasar de este cliente… es el pan de cada día, siempre hay gente que tiene o quiere cosas demasiado complicadas, y para los que somos implementadores no programadores, se nos puede quedar grande el proyecto. Una retirada a tiempo es una victoria.
Un saludo!