Hola Alba!

vamos poco a poco, yo tengo una agencia y antes de eso también fui freelance

Realmente lo que te ofrecen es un poco mierda, porque no sabes si te van a pedir muchos trabajitos de estos o pocos, y por lo tanto no vas a tener nada estable… es peligroso darse de alta como autónomo así, deberías tener un acuerdo con ellos de por ejemplo mínimo 4-6 pedidos al mes, que cubran al menos tu tasa de autónomos.
Lo ideal sería conseguir algún cliente de seo, un par o tres de ellos, que te pagaran lo mínimo mensual que se suele pagar en el sector, que son unos 120 € al mes + iva (yo empecé cobrando eso, ahora lo más barato para cosas sencillas cobro 160 y todos coincidimos que es poquísimo, lo subiré en enero a mínimo 200 al mes + iva)

Dicho esto.
Yo prefiero cobrar por proyecto, porque no me gusta trabajar con un reloj y porque cuanto mejor lo hagas menos tiempo vas a echar, y eso es un plus por saber hacer bien tu trabajo, si cobras por hora te conviertes en una máquina. Puedes estimar un tiempo por ejemplo, subir contenido en idioma, 30 minutos por contenido, y ahí le pones precio. O auditoría SEO, pues vas a echar entre 1 y 2 horas, 100 euros, o si es algo mini como dices, pues una hora, 50.
Lo del precio, si lo haces por hora te van a bajar lo que cobras, dirás que necesitas media hora para hacer un texto, y te dirán «¿25 por media hora? qué caro», pero si les dices, el servicio incluye traducción, corrección, acceso a wordpress, subida de contenido, revisión, configuración del post y publicación siguiendo las directrices del seo, 25 euros por post. pues igual no te dicen que sea caro

No sé si Lucía hacía los cálculos con las herramientas, pero no creo que la agencia te dé acceso a nada, pregúntales… pero lo dudo.

Por suerte estás en el ChorriClub 🙂 y puedes usar SEMRUSH para hacer el estudio preliminar.
Te recomiendo también el curso de Auditoría SEO que hice yo para ver cómo hago yo unas auditorías sencillas que no dependen tanto del tamaño de la web, sino que es algo general que haces con screaming frog y que no lleva mucho más tiempo por ser una web mucho más grande.
Otra opción que tienes es pagarte lo mínimo de se ranking, que tiene una herramienta de auditorías SEO que te saca un reporte bastante bueno para empezar, creo que Semrush saca algo parecido, pero no lo tengo ahora en mente.

Sobre el tamaño de la web, una web pequeñita son menos de 30 urls, pequeña hasta 300, mediana hasta 10k, y grande más que eso, al menos esto es para mí, para otra gente las grandes son todavía mucho más grandes.
No tiene mucho sentido que estudies toda la web, lo normal es estudiar las partes importantes y sacar un reporte del número de errores o de las posibilidades de contenido, indexación, posicionamiento, etc, pero ponerte a ver la web entera puede ser una locura en webs grandecitas como ecommerce o así

Creo que te he respondido a todo, si me dejo cualquier cosa me dices 🙂

Un saludo!