La respuesta es sí, desde el panel de afiliación de Amazon pones el raton sobre tu email en la esquina sueperior derecha, ahí una de las opciones es «Generación de IDs de seguimiento», una vez dentro puedes configurar hasta 50 ID diferentes, para poner en cada página.
Realmente podrías usar el mismo ID en diferentes webs, pero entonces no sabrás de donde vienen tus ingresos.
Para cumplir al 100% con el programa de Amazon, además tendrás que ir a la sección «Configuración de cuenta» y en la tercera opción «cambia la lista de sitios web y apps» poner los dominios en donde uses esos tags de afiliado.
Un saludo!